Nam Kordofan chia sẻ lịch sử với Bắc Kordofan. Mặc dù Nam Kordofan hiện nằm ở biên giới phía bắc với Nam Sudan, bang có nhiều cộng đồng thân miền nam, đặc biệt là vùng đồi Nuba, mặc dù một số trong họ đã chiến đấu với quân nổi dậy miền nam trong Nội chiến Sudan lần hai.[4]

Năm 2009 và 2010 a một loạt các vụ bạo lực giữa các bộ tộc du cư tại Nam Kordofan là nguyên nhân khiên cho một phần lớn cư dân thương vong và phải đi lánh nạn.

Vào ngày 6 tháng 6 năm 2011 Xung đột Nam Kordofan đã nổ ra giữa các lực lượng miền bắc và Nam Sudan, ngay trước thềm Miền Nam tuyên bố độc lập vào ngày 9 tháng 7. Sau đó cả hai bên đã thỏa thuận rút khỏi Abyei.[5][6] Vào ngày 20 tháng 6, thảo thuận giữa các bên nhằm phi quân sự hóa khu vực tranh cãi Abyei đã được ký và quân gìn giữ hòa bình Ethiopia đã được triển khai.[7]